Getting Started

Work like a professional!

Learn how to do our jobs efficiently and reproducibly.

1) Document your work - GitHub & MarkDown

Always document your project. We suggest always having a README.md file in your project DIR.

GitHub 是一个源代码托管平台。

  • 我们鼓励学生在 GitHub 上建立自己的仓库(repo)来托管项目,并添加好 README.md ,使用下文介绍的 Markdown 语言来解释你的工作。

  • 我们也推荐有经验的读者用Git管理自己的代码,可以看这个简易Git教程

  • 在这里还可以找到海量的优秀开源项目代码,共同碰撞出思维的火花,实现 Social Coding。

Markdown 是一种通用标记语言,其语法远比 LaTeX 简洁,易于上手,使得用户能专心于写作,而不会被排版分心。

  • 我们建议在Linux里每个重要工作目录都用这个语言来编辑一个README.md文件。

  • md可以生成 HTML 文件发布在网站上。

  • md也可以生成 PDF,具有很高的兼容性。

实例有:

我们鼓励利用github,github自带的wiki,gitbook,清华云等云服务;对习惯离线编辑同学有如下软件推荐: Mac: typora, Bear, MWeb; Windows: typora, Madoko

Markdown Syntax | Excel Table to Markdown | Paste to Markdown

注意: 国内链接 Github 可能不太稳定,可以尝试国内的替代产品,如:Gitee 高校版 (开源中国推出的基于 Git 的代码托管和协作开发平台)

2) Backup your work

It is important to backup your work regularly.

(1) Basic

(2) Advanced

3) How to use this tutorial

  • 除非特殊说明,本章中的命令均是在自己电脑的 Terminal (终端)程序中进行。每一章的操作都在 Docker 中的一个独立的目录(位于用户家目录/home/test下)中进行,我们称其为章节目录

例如, GSEA 这一章中提到 “以下操作均在 gsea/ 目录下进行。”,指的就是在 /home/test/gsea 下进行该章所有操作,所有相对目录均是相对于该目录。

(1) Teaching Materials

  • 本教程配套了很多练习所需的文件,docker images, 讲解视频等,见 Teaching Materials

(2) More Learning Materials

4) Homework

  1. 注册一个GitHub账户,创建一个repo(仓库),写好README.md。尝试使用Git(初学者可以用Github的桌面版软件)管理自己的代码并同步GitHub云端和本地文件。

  2. 开始定期 Backup your work.

  3. 学习使用Markdown语言,熟悉其语法, 利用Github的Github Page功能,用Markdown写一个自己的网页,记录一下:1)自己第一堂课的课堂笔记,尤其要解释一下算法(algorithm)和模型(model)的区别;2)本学期生物信息学的学习计划。(注意内容和格式也是评分的标准,内容上要充实、实用和简洁,不写空话和废话;格式上要利用 Markdown 的格式突出条理和重点)。

注: 作业提交一个你的网页的地址即可,提交前请确认互联网可以访问该地址(例如,可以看看手机在断开校内网的wifi的情况下,是否可以通过4G/5G 信号打开和浏览)。

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