3.2.KEGG

1) Pipeline

2) Data Structure

2a) getting software & data

  1. go to David

  2. 参考 文件获取方式下载 KEGG_gene.txt 文件,其内容如下所示,包含了很多基因的ID:

    ENSG00000001036
    ENSG00000003756
    ENSG00000008018
    ENSG00000012048
    ENSG00000043355
    ENSG00000074755
    ENSG00000079616
    ENSG00000089280
    ENSG00000100591
    ENSG00000100941
    ENSG00000101109
    ENSG00000101974
    ENSG00000104611
    ENSG00000104738
    ENSG00000105738
    ENSG00000113318
    ENSG00000114867
    ENSG00000116221
    ENSG00000116857
    ENSG00000117724
    ENSG00000119285
    ENSG00000121774
    ENSG00000127663
    ENSG00000127884
    ENSG00000128159
    ENSG00000129187
    ENSG00000130640
    ENSG00000131473
    ENSG00000134287
    ENSG00000134644
    ENSG00000136628
    ENSG00000137273
    ENSG00000146263
    ENSG00000153187
    ENSG00000160285
    ENSG00000164818
    ENSG00000164944
    ENSG00000167325
    ENSG00000167548
    ENSG00000170448
    ENSG00000179632
    ENSG00000183207
    ENSG00000187954
    ENSG00000196700
    ENSG00000196924
    ENSG00000198604
    ENSG00000198886
    ENSG00000198899
    ENSG00000206503
    ENSG00000223609
    ENSG00000272822

2b) Input

File format

Information contained in file

File description

Notes

txt

Ensembl Gene id

Ensembl gene id (i.e. Homo sapiens ENSG00000001036)

2c) Output

File format

Information contained in file

File description

Notes

txt

Output information

The KEGG ontology & enrichment results of each gene

3) Running Steps

  1. 将上文中的基因ID粘贴到文本框中

  2. 选择 ENSEMBL_GENE_ID

  3. 选择 Gene List

  4. Submit List

图1 运行DAVID

结果如下图所示

图2 KEGG 富集结果

5) Homework

  1. 本章中用 KEGG 分析的基因与上一章中用 GO 分析的基因是完全一样的,请比较两章的结果,总结两种方法得到的生物学意义有哪些异同。

  2. 挑战题:自己找差异表达文献,用其中的基因进行 KEGG 富集分析,并于文献中的结果作比较