2.RNA-seq

  • 常规RNA-seq最直接的作用在于对基因表达进行定量。在本章中我们主要来讨论和基因表达定量相关的RNA-seq数据分析。

1) Table of Contents

  • Raw Data QC and preprocessing (请参考mapping一节)

  • Spliced Mapping/Alignment (请参考mapping一节)

  • Differential analysis:

    • DESeq2: 利用负二项分布广义线性模型进行差异分析

    • edgeR: 和DESeq2类似,利用负二项分布广义线性模型进行差异分析。

    • limma: 最早针对microarray数据开发的差异分析工具。开发者后来又进行了多次改进使其也适用于RNA-seq的分析。

3) Pipelines for RNA-seq

4) Teaching Videos

5) References

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