4.Network

Table of Contents
​4.1.Co-expression Network​
​4.2.miRNA Targets​
​4.3.RBP-RNA Interactions​
Files Needed
方法1: 使用docker
4.1 Co-expression Network
docker images的下载链接如附表所示，下载 bioinfo-coexp.tar.gz 启动新的docker.
1）Mac
docker load -i ~/Downloads/bioinfo-coexp.tar.gz # 请根据下载文件的实际位置调整输入内容
mkdir ~/Downloads/data
docker run -dt --name coexpression --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/coexpression:1.4
2) Windows
docker load -i Downloads\bioinfo-coexp.tar.gz # 请根据下载文件的实际位置调整输入内容
mkdir ~/Downloads/data
docker run -dt --name coexpression --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/coexpression:1.4
加载完我们提供的image后，文件都已经准备好了，可以这样查看：
docker exec -it coexpression bash
cd /home/bioc
ls
本教程docker使用方式：
1) 运行容器:  docker exec -it coexpression bash
2) 进行Linux系统的相关操作
3) 退出容器：exit
4.2 miRNA target
docker load -i ~/Downloads/bioinfo_mirna_target.tar.gz
​
docker run -dt --name mirna --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data mirna_targets:1.0
​
docker exec -it mirna bash
​
cd /home/test/mirna
4.3 RBP-RNA Interactions
docker load -i ~/Downloads/bioinfo_rbp.tar.gz
​
docker run -dt --name rbp --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/bioinfo_rbp:2.0
​
docker exec -u root -it rbp bash
​
cd /home/test/rbp
注意：4.2，4.3的docker安装均以Mac为例，Windows用户请按4.1案例将"docker load -i ~/..."改为"docker load -i ..."
方法2: 直接下载
如果不使用docker，也可以直接下载教程所需文件：Download Link​
Part III. NGS DATA ANALYSES - Previous
3.ChIP-seq
4.1.Co-expression Network
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