5.Network

1) Table of Contents

2) Files Needed

Method 1: Use docker

5.1 Co-expression Network

docker images的下载链接如附表所示,下载 bioinfo-coexp.tar.gz 启动新的docker.

1)Mac

1
docker load -i ~/Downloads/bioinfo_coexp.tar.gz # 请根据下载文件的实际位置调整输入内容
2
mkdir ~/Downloads/data
3
docker run -dt --name coexpression --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/coexpression:1.5
Copied!

2) Windows

1
docker load -i Downloads\bioinfo-coexp.tar.gz # 请根据下载文件的实际位置调整输入内容
2
mkdir ~/Downloads/data
3
docker run -dt --name coexpression --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/coexpression:1.5
Copied!
加载完我们提供的image后,文件都已经准备好了,可以这样查看:
1
docker exec -it coexpression bash
2
cd /home/bioc
3
ls
Copied!
本教程docker使用方式:
    1) 运行容器: docker exec -it coexpression bash
    2) 进行Linux系统的相关操作
    3) 退出容器:exit

5.2 miRNA target

1
docker load -i ~/Downloads/bioinfo_mirna_target.tar.gz
2
3
docker run -dt --name mirna --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data mirna_targets:1.0
4
5
docker exec -it mirna bash
6
7
cd /home/test/mirna
Copied!

5.3 RBP-RNA Interactions

1
docker load -i ~/Downloads/bioinfo_rbp.tar.gz
2
3
docker run -dt --name rbp --restart unless-stopped -v ~/Downloads/data:/data gangxu/bioinfo_rbp:2.0
4
5
docker exec -u root -it rbp bash
6
7
cd /home/test/rbp
Copied!
注意:5.2,5.3的docker安装均以Mac为例,Windows用户请按5.1案例将"docker load -i ~/..."改为"docker load -i ..."

Method 2: Directly Download

    如果不使用docker,也可以直接从该链接Files needed by this Tutorial中的清华云Bioinformatics Tutorial / Files路径下的相应文件夹中下载所需要的文件。

3) Teaching Videos (link)

    PART III: Network
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