6.RNA Regulation Analyses

0)Table of Contents

1)Files Needed

1a) 方法1: 使用docker

docker images的下载链接如附表所示,本大章包括2个images:

(1) 6.1 RNA Editing: bioinfo_rnaeditor.1.8.tar.gz

docker load -i ~/Desktop/bioinfo_rnaeditor.tar.gz
#注意:下面的文件挂载目录为/Users/xugang/Downloads/data2, 自己运行时记得改为自己新建的一个目录名称。
docker run --name=rnaeditor -dt -h bioinfo_docker --restart unless-stopped -v /Users/xugang/Downloads/data2:/data2 gangxu/rnaeditor:1.8
docker exec -it rnaeditor bash
cd /home/test

(2) 6.2 APA, 6.3 Ribo-seq, 6.4 Structure-seq:bioinfo_tsinghua_6.2_apa_6.3_ribo_6.4_structure.tar.gz

docker load -i ~/Desktop/bioinfo_tsinghua_6.2_apa_6.3_ribo_6.4_structure.tar.gz
#注意:下面的文件挂载目录为~/Desktop/bioinfo_tsinghua_share, 自己运行时记得改为自己新建的一个目录名称。
docker run --name=rnaregulation -dt -h bioinfo_docker --restart unless-stopped -v ~/Desktop/bioinfo_tsinghua_share:/home/test/share gangxu/bioinfo_tsinghua_6.2_apa_6.3_ribo_6.4_structure:latest
docker exec -u root -it rnaregulation bash
# APA
cd /home/test/rna_regulation/apa
# Ribo-seq
cd /home/test/rna_regulation/ribo-wave
# Structure-seq
cd /home/test/rna_regulation/structure_seq

(3) 6.5.Chimeric RNA Detection: bioinfo_chimeric.tar.gz

需要下载原始数据和基因组文件ctat_genome_lib_build_X_docker.zip,ref_genome.fa.star.idx.zip,请把 ref_genome.fa.star.idx 移到 ctat_genome_lib_build_X_docker文件中。下载解压后需要挂载。

docker load -i ~/Desktop/bioinfo_chimeric.tar.gz
mv ~/Downloads/ref_genome.fa.star.idx ~/Downloads/ctat_genome_lib_build_X_docker
docker run -dt -v ~/Downloads/ctat_genome_lib_build_X_docker:/data --name=bioinfo_starfusion gangxu/starfusion:latest

(4) 6.6.SNV/INDEL Detection: bioinfo_snv.tar.gz

docker load -i ~/Downloads/bioinfo_snv.tar.gz
docker run -dt --name=snv -v ~/Downloads/data:/data gangxu/snv:2.0
docker exec -it snv bash

1b) 方法2: 直接下载

  • 如果不使用docker,也可以直接下载教程所需文件:Download Link